По общему правилу, исключительные права на произведения принадлежат работодателю, если иное не установлено в договоре (к примеру в трудовом договоре).

Служебным, произведение считается только тогда, когда оно разработано работником организации в пределах, установленных для работника (автора) трудовых обязанностей. То есть у данного работника должно быть прописано в его должностных обязанностях не только такие трудовые функции, например как: разработка программ для ЭВМ и баз данных; написание исходного кода программ для ЭВМ и баз данных; модификация, интеграция программ для ЭВМ и баз данных — но и их расшифровка с более конкретными сведениями в этой области.

Неотъемлемым признаком любого результата интеллектуальной деятельности является творческий вклад. Творческий труд (вклад) — труд автора по созданию служебных произведений, выполненные им самостоятельно, без использования общепринятых алгоритмов (в т.ч. которые невозможно прописать иным образом), без копирования уже существующих и созданных иными лицами текстов исходного кода или существующего и созданных иными лицами расположения содержания баз данных.

В идеале следует придерживаться следующему порядку:

1) После принятия работодателем решения о разработке ПО, составляется служебное задание, в котором указывается поручение работодателя выполнить работы по разработке ПО (указать ориентировочное наименование), перечень авторов (работников), которым поручается данная работа, ориентировочный период времени, в течение которого они должны выполнить указанные работы, приложить техническое задание и ознакомить с данными документами перечисленных в нём работников (авторов) под подпись. Также желательно назначить ответственное лицо.

2) Далее следует заключить между работодателем и указанными работниками (авторами) договор (соглашение), в котором нужно определить размер, сроки и порядок оплаты вознаграждения за создание ПО. Да, авторам полагается вознаграждение в силу требования ГК РФ, при этом независимо от заработной платы, но право такое возникает в определенных случаях и зависит от того, собирается ли работодатель использовать исключительные права на это ПО (например передать право использования). Если работодатель не заинтересован в разработанном ПО, то и оснований для выплаты вознаграждения не возникает и по истечении определенного времени исключительные права переходят обратно автору. При этом, исключительное право работодателя (в случае заинтересованности) не переходит к автору, если вознаграждение не было выплачено.

3) После разработки ПО, к примеру назначенное ответственное лицо, составляет отчет о разработке указанного ПО и составляется акт, в котором необходимо отразить перечень работников (авторов), наименование разработанного ПО и указание на то, что авторами (работниками) указанное ПО и исключительные права на него (хотя по закон это прямо установлено, лишним не будет) передано в распоряжение работодателю.

4) Далее, соответственно, определяется балансовая стоимость разработанного ПО и указанное ПО ставится на бухгалтерский учет.

Как вариант можно разработать регламент о порядке разработки ПО или о порядке постановки ПО на бухгалтерский учет (положение о служебном произведении), в котором, главное, определить порядок предоставления сведений о начале разработки ПО, пошаговую инструкцию о том, кто и в какой момент должен выполнить то или иное действие, порядок постановки заданий на разработку произведения (например с помощью электронной почты или какой-либо системы бизнес процессов).

К сведению, существует судебная практика, в которой суд признал надлежащим доказательством принт-скрины репозитория, в котором соответственно отражены сведения, позволяющие определить перечень авторов (работников), виды выполненных ими работ, а также сведения о затраченном времени.